Murió el P. Torres el 23 de abril de 1878, martes de Pascua de Resurrección, dejando designado para seguirle en la dirección del Instituto de Hermanas de la Cruz, (que además de la Casa-Matriz estaba ya fundada la de Utrera) al Sr. D. José María Álvarez Delgado.
Su cadáver estuvo tres días sin sepultar y fue venerado por el pueblo de Sevilla, que recogió como reliquias las florecillas que le cubrían y lo calificó unánimemente de santo. El fallecimiento del P. Torres (dice el Sr. Collantes) dio motivo al pueblo sevillano sin distinción de clases, para manifestar su profundo sentimiento y la veneración en que lo tenía.
Se veneraron sus incorruptos despojos durante algunos días, como los de un varón de virtudes… El Emmo. Sr. Cardenal Lluch, de quien fue confesor, dispuso para honrar su memoria, que se colocara su retrato en la Biblioteca pública de la Dignidad Arzobispal.”
El Boletín Oficial del Arzobispado en su número de 26 de Abril de aquel año daba cuenta de la muerte del P. Torres en un sentido artículo, del que copiamos lo siguiente “ Sevilla en los momentos que escribimos estas líneas poseída del pesar más profundo acude solícita ante el cadáver de un sacerdote tan venerable para besar sus manos y sus pies en testimonio de la veneración suma que le profesaba, y para depositar sus oraciones y sus lágrimas al pie del modesto túmulo sobre el que se alzan sus restos mortales”.
Hace después un cumplido elogio de las cualidades del P. Torres, ensalzando su caridad ardiente, su mortificación constante, su humildad que le hizo rehusar la dignidad episcopal para la que fue propuesto dos veces, su laboriosidad, su fervor en el servicio del Señor, su celo vivísimo por la causa del Catolicismo, el don de consejo con que el Señor le favoreció, etc., y termina resaltando del siguiente modo el testimonio de afecto dado en esta ocasión por el Cardenal Lluch: “Nuestro amorosísimo Prelado que tenía en alto aprecio los merecimientos, virtudes, y sabiduría de sacerdote tan honorable, acudió en la tarde del sábado último a la cabecera del lecho, prodigando al enfermo las más inequívocas pruebas de afecto y consideración, consolándole cariñosamente y permaneciendo a su lado durante el acto solemnísimo de administrarle el Santo viático y la Extremaunción”.
Las exequias solemnes tuvieron lugar en la Catedral el miércoles 24 de abril, y el traslado del cadáver al cementerio de San Sebastián fue honrado con numeroso público; el ataúd fue llevado en hombros de seis sacerdotes, discípulos del Siervo de Dios. No se creyó oportuno dar seguidamente sepultura a un cuerpo que no daba ni por asomo señales de descomposición, permaneciendo en la Capilla, velado por Sacerdotes, las Hermanas de la Cruz y algunos fieles hasta la tarde del 25, en que definitivamente fue recibido por la madre tierra.
En aquella mañana y ante el cadáver del Siervo de Dios habían recibido la Sagrada Comunión las Hermanas de la Cruz y gran número de fieles en la Misa que allí celebró el presbítero don José María Álvarez, que por indicación del mismo P. Torres le sucedió en la Dirección espiritual del Instituto de Hermanas de la Cruz.
En abril de 1883, o sea, a los cinco años del fallecimiento del P. Torres, fueron trasladados sus restos a la casa matriz de la Compañía de las Hermanas de la Cruz, situada en la calle Cervantes. Las diligencias de exhumación de los restos y su traslado a dicha casa constan en el acta levantada por el Notario de Sevilla D. Antonio Abril.
Los restos mortales del Siervo de Dios se encuentran hoy en la Casa Matriz de las Hermanas de la Cruz, en la Cripta situada en el patio interior del convento. En su sepulcro se encuentra una lápida con esta inscripción que la misma Sor Ángela mandó poner:
“En honor del Dios Altísimo”
“Yacen aquí los mortales restos del Venerable Sacerdote Doctor D. José de Torres Padilla, natural de San Sebastián de la Gomera, en Canarias. Dejó la tierra a los 67 años de su edificante vida el día 23 de abril de 1878, siendo Canónigo de la S.M. y P. Iglesia de Sevilla, Consultor, Teólogo del Sacro Vaticano Concilio, Catedrático del Seminario Conciliar, Fundador y director amantísimo del santo Instituto de las Hermanas de la Cruz.